Der Begriff wird umgangssprachlich oft falsch benutzt. Der Begriff "Biotop" bezeichnet jede Art von Lebensraum, keineswegs nur ökologisch besonders wertvolle, und er ist schon gar nicht auf vom Wasser bestimmte Lebensräume beschränkt.

Die konkrete Abgrenzung eines Biotops ist immer davon abhängig, welche Organismen betrachtet werden. Für Destruenten wie Pilze, Bockkäfer usw. kann schon ein einzelner Baumstumpf ein Biotop darstellen. Für Pflanzen und Kleintiere ist ein homogenes Waldstück ein Biotop, und für Säuger und Greifvögel kann sich der Aktionsradius auf größere Bereiche erstrecken.

Wegen dieser Unschärfen ist der Biotop-Begriff kaum für die praktische ökologische Arbeit geeignet. Am ehesten lassen sich Biotope noch durch die Pflanzengesellschaften abgrenzen, weil Pflanzen als ortsfeste Organismen direkt die Standortgegebenheiten widerspiegeln.